Referindo-se a este link: link você obviamente executando o comando no diretório errado.
O caminho correto, onde seu Gemfile está localizado, é /opt/bitnami/apps/gitlab/htdocs
.
Isso deve criar um backup no /opt/bitnami/apps/gitlab/htdocs/tmp/backups
por padrão (se não for alterado no arquivo de configuração do Gitlab)
Este arquivo deve conter todas as informações necessárias para migrar para o novo servidor.