Tente investigar namespaces do Microsoft DFS e começar a segregar dados no Azure - fiz um projeto semelhante. Onde você adicionar um pequeno VHD separado, monte mais 1 TB VHD como pontos de montagem sob a primeira unidade, por exemplo,
Disco de 100 GB Montagem como D:
Em seguida, o VHD NTH de 1TB seria montado em D: \ Disk1 ... D: \ Disk50 e, em seguida, com namespaces DFS, você pode compartilhar os dados, por exemplo. \ DOMAIN \ SHARES \ Finance seria mapeado para \ NEWFILESERVER \ DISK43 $ \ Finance etc.
Não é o mais ideal, mas funcionará dentro dos limites técnicos atuais do Azure.
Espero ter explicado o suficiente para você começar - sinta-se à vontade para entrar em contato se precisar de mais ajuda.
Boa sorte ao fazer upload de 50 TB, pode valer a pena considerar se armazenar esses dados no Azure for mais econômico do que armazená-los em escritórios, mas aumentar os links de WAN / Internet. Dito isto, você não teria que se preocupar com novo hardware, etc. A solução acima seria escalar muito bem, eu imagino.