Existem algumas vantagens em bloquear essas solicitações no nível do firewall, a saber:
- O IPTABLES usa menos recursos para bloquear a conexão do que o Apache faz para retornar um erro.
- Ele manterá seus arquivos de log menores e mais limpo.
Você mencionou o bloqueio dos hosts no httpd.conf. Isso não é tão útil .. Os bots estão recebendo um 404 de qualquer maneira, não beneficia você nem os prejudica em enviar um código de erro diferente (que é todo o bloqueio no arquivo httpd.conf)
O único benefício do bloqueio no httpd.conf é que um host mal-intencionado que está tentando invadir uma página não existente agora pode tentar hackear uma página real posteriormente. Naturalmente, você pode obter o mesmo benefício bloqueando no nível do firewall, junto com as outras vantagens mencionadas acima.
tl; dr: bloqueia os pedidos, com o fail2ban, não com o httpd.conf