Assumindo que o TokuDB está habilitado em sua configuração (que estaria em primeiro lugar para poder usá-lo), eu verificaria os logs do Maria / MySQL em busca de um erro de inicialização do TokuDB. O Hugepages é frequentemente ativado por padrão no CentOS e o TokuDB não gosta disso - mas ele reclama alto no log. Eu suspeito de algo assim.