Como root, edite /etc/mysql/my.cnf
e adicione este parágrafo na parte inferior:
[mysqld]
general_log=on
general_log_file=/var/log/mysql/query.log
Ainda como root, execute estes comandos:
service mysql stop
service mysql start
Em seguida, observe o log:
tail -f /var/log/mysql/query.log
Por favor, esteja ciente que esta configuração faz com que o MySQL seja 15% mais lento, então remova ou comente o parágrafo (então reinicie) quando você não precisar mais dele.