Não, isso não causará problemas ao executar o Ubuntu ou ao executar atualizações de versão regulares. A única coisa que você precisa cuidar é que você não formata esta partição caso você reinstale o Ubuntu no futuro.
Você sempre pode mudar de casa para outra partição ou dirigir mais tarde no caso você realmente precisa disso. Isso poderia, em teoria, também ser feito a partir de reduzindo uma partição existente mas caso seja uma instalação nova, a reinstalação é provavelmente o procedimento que menos consome tempo.