Depende de como você configura a zona interal.
Se você criar uma zona DNS interna para o domínio filho, seu servidor interno será autoritativo apenas para o domínio filho. Como explicado aqui .
Dessa forma, seu DNS externo ainda é autoritativo para o domínio pai.
Outra maneira de trabalhar (que é mais complicada, mas eu realmente tive melhores resultados com isso) é duplicar sua zona primária internamente.
E atribua manualmente os endereços IP que precisam apontar para endereços IP internos.