Você pode passar parâmetros através da variável de ambiente PHP_VALUE.
No Apache, você usaria a diretiva FcgidInitialEnv (que é aplicável a hosts virtuais) para definir todos os parâmetros em uma única linha.
FcgidInitialEnv PHP_VALUE "include_path=.:/var/www/host1/includes \n error_log=/var/www/host1/log/php_error.log"