Depois de pesquisar e pesquisar um pouco, descobri que no WHM existe uma maneira de desativar a capacidade de permitir outros locais para o diretório inicial. Consegui desativar o recurso navegando até "Configuração do Servidor WHM Home» Configuração Básica do cPanel & WHM "e atualize a seguinte opção:
"Diretórios base adicionais que correspondem ao valor a seguir também serão usados para novas criações de diretório base. (Deixar esse valor em branco desativa o recurso.) Essa opção só recebe um valor."
Depois de deixar esta opção em branco, criei um novo site e funcionou muito bem. Obrigado pela sua ajuda.