Não sei por que as diretivas ErrorLog em suas configurações de virtualhost não estão funcionando, mas o prefixo do texto enviado para STDERR não é feito pelo apache. Em vez disso, o módulo FCGI faz isso instalando um manipulador de advertência.
Considere a documentação no link para $req->Accept() , que diz
Note that unlike with the old interface, no
dieandwarnhandlers are installed by default. This means that if you are not running ansfioenabled perl, anywarnordiemessage will not end up in the server's log by default. It is advised you set updieandwarnhandlers yourself.FCGI.pmcontains an example of die and warn handlers.
Se o manipulador warn implementado pela sua versão do FCGI estiver direcionando sua saída para o local correto, talvez seja instrutivo examinar o código que implementa isso.