Não tenho certeza se esse é o local adequado para isso, mas você certamente pode criptografar arquivos antes de movê-los para uma pasta, por exemplo, com CryptSync (Sem afiliação, mas open-source e baseado em 7zip)
como para confiar na criptografia do Bittorrent Sync, não em particular (eu prefiro coisas de código aberto), mas eu me sinto razoavelmente seguro usando isso, pois pode ser configurado para ser local apenas, e assegurar conexões locais é certamente factível.
edit: agora que o Sync está fora da versão beta, fazê-lo funcionar de forma local é extremamente tedioso e difícil, e não posso mais recomendá-lo