Os filtros só precisam ser adicionados a uma configuração. Tente remover o que você adicionou ao apache2.conf e mantenha tudo em / sites-available / default.
Por exemplo, se você quiser filtrar os bots de pesquisa dos seus registros, o final do seu arquivo de configuração será:
ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/error.log
# Possible values include: debug, info, notice, warn, error, crit,
# alert, emerg.
LogLevel warn
# Filter all search bots from the access log.
SetEnvIfNoCase User-Agent googlebot dontlog
SetEnvIfNoCase User-Agent bingbot dontlog
SetEnvIfNoCase User-Agent baiduspider dontlog
# Custom Log location + options
CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/access.log combined env=!dontlog
</VirtualHost>
Além disso, quando você faz um apachectl gracioso, pode demorar um pouco. Se você estiver apenas testando as alterações, exclua os arquivos de log, execute apachectl com estilo e quando os arquivos de log forem recriados, você saberá que eles são preenchidos usando as novas opções de filtro especificadas.