Encontrou um script que corrige o problema na maior parte do tempo. Isto foi enterrado no livro desencadeado do SCCM 2012.
Copie isso para .vbs, execute-o na máquina cliente com problemas. Em seguida, reinicie o serviço sms e execute novamente o seu ciclo (atualização de software, etc.).
Isso deve forçá-lo a verificar novamente o estado de verificação.
' Initialize the UpdatesStore variable.
dim newCCMUpdatesStore
' Create the COM object.
set newCCMUpdatesStore = CreateObject ("Microsoft.CCM.UpdatesStore")
' Refresh the server compliance state by running the RefreshServerComplianceState method.
newCCMUpdatesStore.RefreshServerComplianceState
' Output success message.
wscript.echo "Ran RefreshServerComplianceState."