O certificado intermediário não precisa de exportação / importação, somente importação (ele não contém uma chave privada)
Você fez tudo certo, contanto que tenha exportado o certificado no ServerA COM a chave privada e o tenha importado para o ServerB WITH da chave privada. Mas este parece ser o caso, pois o IIS aceitou o certificado - tudo bem.