O código do Hyper-V não está envolvido se você estiver usando um NAT. Você terá que aplicar as políticas dentro do NAT. Ao usar o NAT, você essencialmente tira o switch Ethernet virtual da imagem.
Em geral, o comutador virtual Hyper-V é configurável, no sentido de que você pode aplicar políticas a portas de rede virtual da mesma maneira que faria com um comutador físico. Aqui está um bom link para uma visão geral:
Você também pode obter extensões de comutadores virtuais de vários fornecedores que se conectam ao Hyper-V e fornecem políticas mais sofisticadas.