Na maioria dos sistemas, há também um /etc/init.d/httpd
que faz a inicialização original do servidor apache. Eu acho que sua única solução é definir uma variável de ambiente nesse script e usar algo como
/sbin/service httpd restart
para reiniciar o apache com as novas variáveis ambientais. Você tem que modificar o ambiente do processo que inicia o httpd de alguma forma.