Os discos até do mesmo modelo, mesmo do mesmo lote, podem variar um pouco. Isso pode ocorrer porque os discos são realmente pouco diferentes, mas o fabricante manteve o mesmo número de modelo ou porque os discos vêm de fábrica com alguns setores já marcados como inutilizáveis. Uma unidade que tivesse mais setores defeituosos, mas que, por outro lado, está bem mostrará um número menor de blocos utilizáveis. O firmware da unidade oculta seus setores defeituosos e apresenta uma unidade um pouco menor.
Também é possível que a unidade menor tenha uma configuração de área protegida do host (HPA). Isso reserva parte da unidade, ocultando-a completamente do sistema operacional, para armazenar itens como imagens da BIOS ou recuperação do sistema. Isso é menos provável se for um disco novo. Ele pode ser removido, embora eu não saiba quais ferramentas você usaria no freebsd para fazer isso.
A solução não é fazer com que o array seja estendido para todo o tamanho do disco, de forma que as unidades de substituição funcionem mesmo que sejam menores que KB. Algumas configurações do RIAD fazem isso automaticamente, outras deixam a decisão para o administrador.
Infelizmente, já que todos os dados estão no disco maior, você precisará reduzi-los para caber ou começar do zero.