O Windows NT (< 5.0) usa uma configuração estática do HAL, o que significa que não suporta a alteração do driver de armazenamento associado ao dispositivo de inicialização. Pode ser possível hackear o registro para trabalhar com um novo driver, mas neste momento eu sinceramente não me lembro se isso é possível (você está trabalhando com um antigo sistema operacional).
A correção "fácil" é garantir que você está inicializando a partir de um dispositivo que usa o mesmo driver que o "hardware" anterior (mesmo que esse hardware seja virtualizado).