Como @Satanicpuppy diz em um comentário: Ele realmente não "armazena" nada fora do arquivo de configuração real.
Mas! Você pode alterar o Config do Módulo Webmin (veja o link na parte superior da página "Linux Firewall" do webmin). Nesta página de configuração, há uma linha "IPtables save file to edit". Altere isso de "Usar sistema operacional ou padrão Webmin" para o segundo valor em que você pode fornecer um caminho + nome do arquivo (por exemplo, "/etc/webmin/firewall/iptables.save").
Este arquivo será usado e atualizado depois que você alterar as configurações no webmin.
Você também pode alterar as configurações deste arquivo e ativar essas alterações com
/etc/init.d/webmin-iptables start