Supondo que este é o mesmo problema que acabei de ter:
Baixei as VMs da Microsoft para testar o IE. Eles eram imagens de PCs virtuais que eu usei como discos HyperV, criando uma nova máquina virtual para eles.
Após a inicialização, o cursor do meu mouse era um pequeno ponto (não era um cursor que eu conhecia), e clicar não parecia fazer nada. O teclado funcionou.
Depois de chegar à área de trabalho, eu podia clicar - o ponteiro do mouse não era movível no convidado, mas eu podia alternar itens da área de trabalho (porque o Win7 tem o botão 'show desktop' no canto inferior direito). Então, o clique funcionou, mas o ponteiro ficou preso.
A correção era ir para Programas e Recursos (usando o teclado) e desinstalar as adições de convidado da VM (nesse caso, eram adições do VirtualPC que não funcionavam completamente com o Hyper-V).
Após desinstalá-los, monte o DVD do Pacote de Serviços de Integração (menu Ação do Hyper-V) e ele permitirá que você os instale. Após a reinicialização, o mouse está funcionando novamente.