Se você não alterar nenhum dos parâmetros de inicialização do FULLTEXT, sua conversão do MyISAM para o InnoDB cuidará da criação dos índices FULLTEXT para o InnoDB.
ETAPAS DE CONVERSÃO
Se você puder se conectar ao MySQL a partir de uma interface de linha de comando, execute esta consulta
SELECT DISTINCT table_schema,table_name
FROM information_schema.statistics WHERE index_type='FULLTEXT';
Isso lhe dará todas as tabelas com um índice FULLTEXT.
Usando essa consulta, execute esta consulta
SELECT CONCAT('ALTER TABLE ',B.table_schema,'.',B.table_name,' ENGINE=InnoDB') Cmd
FROM (SELECT DISTINCT table_schema,table_name
FROM information_schema.statistics WHERE index_type='FULLTEXT') A
INNER JOIN information_schema.tables B USING (table_schema,table_name)
WHERE B.engine='MyISAM';
Isso mostrará todos os comandos para converter tabelas MyISAM com índices FULLTEXT no InnoDB.
Você pode enviar os comandos para um arquivo de texto.
SQL="SELECT CONCAT('ALTER TABLE ',B.table_schema,'.',B.table_name,' ENGINE=InnoDB')"
SQL="${SQL} FROM (SELECT DISTINCT table_schema,table_name"
SQL="${SQL} FROM information_schema.statistics"
SQL="${SQL} WHERE index_type='FULLTEXT') A"
SQL="${SQL} INNER JOIN information_schema.tables B"
SQL="${SQL} USING (table_schema,table_name)"
SQL="${SQL} WHERE B.engine='MyISAM'"
mysql -uroot -p -ANe"${SQL}" > ConversionScript.sql
less ConversionScript.sql
Isso criará o script de conversão e permitirá visualizá-lo.
Se você estiver satisfeito com o conteúdo dos scripts, faça o login no mysql e execute:
mysql> source ConversionScript.sql