O repositório Remi visa principalmente fornecer as versões mais recentes da pilha LAMP, enquanto o repositório Atomic oferece muito mais. Dependendo do que você está tentando alcançar, você provavelmente não deve ter os dois repositórios ativados.
Nem o Atomic nem o Remi devem entrar em conflito com o EPEL, por isso o EPEL deve coexistir pacificamente com ambos.
Uma opção de trabalho, se você realmente quer ter os repositórios Atomic e Remi por algum motivo estranho, é mantê-los desabilitados por padrão (ou seja, ter enabled=0 nos respectivos arquivos de repositório, encontrados em /etc/yum.repos.d ) e apenas habilite-os quando realmente atualizar / instalar algo deles (use --enablerepo= switch com o yum ao instalar / atualizar algo do repo em questão).
Por exemplo, para instalar o MySQL do Remi e Openvas da Atomic, você poderia fazer:
yum --enablerepo='*remi*' install mysql
yum --enablerepo='*tomic*' install openvas
Isso tem o lado negativo de ter que atualizar o MySQL e o Openvas manualmente, ativando os respectivos repositórios ao executar yum update . Por isso, seria melhor repensar por que você tem os repositórios Remi e Atomic ativados / disponíveis em primeiro lugar.