Em primeiro lugar, o SCCM 2012 não é realmente simples, você pode (e deve) criar pastas para organizar seus diferentes tipos de coleções no console.
Em segundo lugar, percebo que isso não responde à sua pergunta, porque você está perguntando sobre como implantar configurações, aplicativos, atualizações, etc. em um grupo de coleções ao mesmo tempo, e as pastas não ajudam nisso.
A maneira como fazemos isso é usando as regras de associação "Incluir coleções" (e "Excluir coleções"). Você cria o que teria sido sua coleção pai e, em seguida, adiciona as regras de associação "Incluir coleções" a essa coleção para quais seriam suas sub-coleções. Isso acaba sendo muito mais flexível do que o sistema antigo porque você pode incluir facilmente diferentes combinações de coleções em suas novas coleções "pai".
Por exemplo, temos várias coleções para correção de servidor com base no trabalho, local, nível de risco e local de instalação do patch, que será incluído em uma coleção para obter suas janelas de manutenção (geralmente baseadas em algo como sua localização / fuso horário ou padrão de uso) e incluído em uma segunda coleção para obter sua lista de atualizações aprovadas implantadas (geralmente com base em seu nível de trabalho e risco), por exemplo: