O servidor mysql é executado com 2 processos, mysqld e mysqld_safe. Se você matar o mysqld com o sinal SIGKILL (9), o mysqld_safe irá reaparecer o mysqld. Se você parar o mysqld no modo padrão, ou matá-lo com o sinal sigint (15), o mysqld_safe o notará e terminará. Se houver uma emergência, lembre-se sempre de matar -9 mysqld_safe primeiro.
Neste caso, parece que o mysqld_safe está reiniciando logo após o desligamento. Como você está exatamente matando o mysql?