Você precisa adicionar a seleção local ao seu sistema, caso contrário, ele ainda perguntará o que você deseja fazer e suas configurações não farão nada.
SkipLocaleSelection=YES
Eu adicionei o meu acima das configurações locais como esta:
[Settings]
Priority=Default
Properties=MyCustomProperty
DeploymentType=NEWCOMPUTER
[Default]
OSInstall=Y
SkipCapture=NO
SkipAdminPassword=YES
SkipProductKey=YES
SkipComputerBackup=YES
SkipBitLocker=YES
SkipDeploymentType=YES
SkipApplications=YES
SkipAppsOnUpgrade=YES
JoinWorkGroup=Elliot Labs
SkipLocaleSelection=YES
KeyboardLocale=0409:00000409
UserLocale=en-US
UILanguage=en-US
SkipTimeZone=YES
TimeZoneName=Eastern Standard Time
SkipSummary=YES