Leia a descrição de Order Deny,Allow
nos documentos do Apache:
Deny,Allow
First, all Deny directives are evaluated; if any match, the request is denied unless it also matches an Allow directive. Any requests which do not match any Allow or Deny directives are permitted.
Portanto, seu Allow from all
está substituindo suas diretivas Deny
.
Acho que você deseja mudar para Order Allow,Deny
. Se você ler atentamente a descrição disso nos documentos do Apache, verá que é o que deseja.