tente aumentar max_packet_size para 2G .... isso pode corrigir isso.
também, não importe através do gui , ssh in e importe na tela, a partir do cli ....
mysql -u user -ppassword dbname < dbname.sql
editar; max_packet_size é uma diretiva mysql, não php. Ao fazer via shell mysql, você está ignorando php e seus limites todos juntos.