Eu tive que lidar com um problema muito semelhante.
No meu caso, eu recebia e-mails diferentes do CFEngine, dependendo se eles vinham de um agente do cf, executado pelo cron, ou se eram executados no cf-exec.d
O que acabei fazendo foi remover a chamada cron cf-agent e substituí-la por um script que simplesmente garante que o serviço cfengine3 esteja em execução.
Agora todo o email vem do cf-execd, o que torna as regras do meu email muito mais agradáveis. Não é bem o que você procura, mas torna meu dia mais administrável.