Eu não acho que você possa evitar isso.
Quando você habilita atualizações dinâmicas para uma zona, você está essencialmente entregando o controle do conteúdo do arquivo de zona para vincular; você não tem mais permissão para fazer alterações diretamente no arquivo e o bind precisará reescrevê-lo após as atualizações.
Quanto a $INCLUDE
nesse contexto, o que seria esperado que fizesse se mantivesse as instruções include?
Espera-se modificar todos os arquivos referenciados conforme necessário ao fazer atualizações?
E se alguns dos arquivos de inclusão forem referenciados por várias zonas?
E se você adicionar um registro para foo.aux.mydomain.com
? Bind não teria ideia de que os nomes de arquivos significam algo para você, não saberia adicionar a entrada nesse arquivo especificamente.
Se as atualizações dinâmicas não devem se aplicar a esse subdomínio, uma opção melhor pode ser delegar e ter isso como uma zona separada.