Você pode usar a Política de Grupo para implantar os certificados, artigo do TechNet explica como fazer isso:
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Abra o Console de Gerenciamento de Diretiva de Grupo.
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Encontre um existente ou crie um novo GPO para conter as configurações do certificado. Verifique se o GPO está associado ao domínio, site ou unidade organizacional cujos usuários você deseja afetar pela política.
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Clique com o botão direito do mouse no GPO e selecione Editar.
O Editor de Gerenciamento de Diretiva de Grupo é aberto e exibe o conteúdo atual do objeto de diretiva.
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No painel de navegação, abra Configuração do computador \ Configurações do Windows \ Configurações de segurança \ Políticas de chave pública \ Fornecedores confiáveis.
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Clique no menu Ação e, em seguida, clique em Importar .
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Siga as instruções no Assistente de importação de certificados para encontrar e importar o certificado.
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Se o certificado for autoassinado e não puder ser rastreado para um certificado que esteja no armazenamento de certificados Autoridades de certificação raiz confiáveis , você também deverá copiar o certificado para esse armazenamento . No painel de navegação, clique em Autoridades de Certificação Raiz Confiáveis e repita as etapas 5 e 6 para instalar uma cópia do certificado nesse armazenamento.