No diretório webapps (ou em qualquer diretório que você tenha o aplicativo implantado), basta executar um
chmod -R 2755 webapps
e você deve ser bom.
Eu tenho um script dentro da pasta WEB-INF que o Java executa. Quando implemento o WAR, não há permissões de execução (644 em vez de 755). Como faço para definir as permissões dos arquivos dentro do WAR?
Como os scripts pertencem ao aplicativo, defina as permissões na inicialização. Para um servlet no método init, algo como:
String [] command = {"/bin/chmod","+x",files_to_be_changed_permissions};
Runtime rt = Runtime.getRuntime();
Process pr = rt.exec( command );
pr.waitFor();
permite que o aplicativo cuide da configuração de permissões para seus próprios arquivos
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