Você pode fazer isso com robocopy
.
Supondo uma origem C:\inetpub\site1
e destino de C:\inetpub\site2
, o seguinte criará uma hierarquia de pastas idêntica em "site2", preservando as permissões de "site1".
robocopy C:\inetpub\site1 C:\inetpub\site2 /mir /copyall /xf *
-
/mir
mirror -
/copyall
Copiar todas as permissões -
/xf *
Excluir arquivos correspondentes *