Você pode fazer isso com robocopy .
Supondo uma origem C:\inetpub\site1 e destino de C:\inetpub\site2 , o seguinte criará uma hierarquia de pastas idêntica em "site2", preservando as permissões de "site1".
robocopy C:\inetpub\site1 C:\inetpub\site2 /mir /copyall /xf *
-
/mirmirror -
/copyallCopiar todas as permissões -
/xf *Excluir arquivos correspondentes *