Como está, você não pode.
Seu certificado (estou assumindo) é para www.example.com; não para js.example.com, css.example.com ou qualquer outra coisa .example.com.
Um certificado que é para qualquer .example.com é um certificado curinga e custa mais.
Uma alternativa seria adicionar o Subject Alternate Names (SAN) ao seu certificado para cobrir js.example.com e css.example.com, mas você teria que fazer isso no estágio de solicitação - não é possível fazer isso retrospectivamente. As chances são de que haveria cobrança por isso também.
Portanto, as suas opções são adquirir um certificado de substituição ou, alternativamente, mover o seu css e js para um subdiretório no seu Website para que sejam acedidos como link e link usando seu certificado atual.
No entanto, se você comprou um certificado curinga ou um certificado com SANs que cobrem todos os seus vários domínios e ainda está recebendo erros, o problema provavelmente estará no Apache.
Você precisa ter certeza de que o subdomínio do Apache para ccs e js também esteja usando https. Se eles usarem http, você receberá os avisos que indicar.