Ainda não estou 100% claro se spampd está chamando spamassassin ou spamc, se ele está chamando spamc você precisa definir allow_user_rules para 1, se não, ele deve procurar o user_prefs no diretório do usuário chamando spamassassin, e esse diretório apenas.
Eu não acho que você será capaz de usar user_prefs individuais em spampd, eles mencionam especificamente que whitelists por usuário não estão disponíveis. Eles também mencionam que as preferências por usuário são um To-Do ..
Nas notas dos interruptores
Turns on the SpamAssassin global whitelist feature. See the SA docs. Note that per-user whitelists are not available.
Na seção de tarefas do github
Per-user preferences: The jury is still out on this one. I'm thinking more and more that most per-user prefs should be specified on the final mailbox server. Why? Because SMTP isn't designed with per-user preferences in mind. On a relay server, the same message body can go to multiple recipients who may have wildly different preferences when it comes to handilng junk mail. The exception here might be the use of LMTP protocol, which bears further investigation.
Suponho que eles presumem que os usuários terão filtros .procmail.