Bem, vejo dois problemas:
-
Você está ssh'ing no servidor B, obtendo um shell lá e executando o comando mysql. Nenhuma quantidade de redirecionamento de saída executada no servidor B poderá recuperar os arquivos para o servidor A.
-
Seu redirecionamento de saída está indo na direção errada.
Tente isto:
ssh user@host "mysql -u USER -pPASSWORD -e \"$CMD\"" > /tmp/querydb