Após horas pesquisando maneiras de alterar o HAL no Win2008R2, encontrei conselhos no technet para outra pergunta para editar a configuração avançada de inicialização via msconfig (reduzindo o número de cpu, com relação a essa pergunta exata).
Eu fiz o seguinte: execute msconfig.exe sob guia de inicialização, clique em opções avançadas e caixa de seleção "Número de processadores" desmarcada. Foi verificado com o número 2 (número máximo permitido presente na lista) antes.
Então eu reboto e voila! Tem 4 núcleos presentes no Gerenciador de Tarefas. Tenha 4 números disponíveis na lista em "Número de processadores" em opções avançadas em msconfig.
Shaitan Não tenho ideia de por que e quando as opções de inicialização foram alteradas antes que o problema surja, mas agora está tudo bem.