Sua chave privada estava no armazenamento de chaves que você excluiu acidentalmente. Chave pública e privada deve corresponder, você não pode criar um sem o outro.
(estou cortando alguns cantos para mantê-lo curto)
O CSR tem detalhes sobre sua chave pública. Ele é assinado por uma autoridade de certificação (CA) e empacotado em um certificado. A chave privada não é enviada para a CA.
Portanto, se você gerou um novo par de chaves público-privadas depois de excluir o armazenamento de chaves original, a chave pública que você possui agora não é a que está no certificado recebido. Mesmo se houvesse uma maneira de forçar a chave pública ali, a criptografia não funcionaria.
Agora você tem duas opções:
- Restaurar um backup e recuperar o keystore antigo
- Faça uma nova solicitação