Eu consertei isso excluindo todos os hosts virtuais existentes e adicionando manualmente esses códigos ao meu httpd.conf para cada host virtual:
<VirtualHost *:80>
ServerAdmin [email protected]
DocumentRoot "/var/www/download.my-domain.com"
ErrorLog /var/www/error_download.log
CustomLog /var/www/access_download.log common
ServerName download.my-domain.com
ServerAlias download
<Directory "/var/www/download.my-domain.com">
AllowOverride All
</Directory>
</VirtualHost>
Então, se você tem (ou teve) o mesmo problema, basta editar essas linhas para corresponder aos seus próprios critérios e usá-las.
Você pode usar este editor / gerador que acabei de criar, para personalizar este código. link