Então o processo para isso foi um pouco complicado, mas funcionou no final.
Teve que fazer uma atualização no local para reparar o MMC
Então, consegui implantar o WSUS e o IIS novamente
Recolocou o banco de dados e apontou o WSUS para ele
Movido o armazenamento de conteúdo com -skipcopy
Passou uma idade brincando com permissões de SQL e permissões de NTFS para o diretório em que o banco de dados estava armazenado.
Executou o script WSUSMaintenance SQL
Em seguida, baixou apenas 80 GB em vez de mais de 300 GB, portanto, poderia viver com isso. Não é perfeito, mas chegou lá no final:)