Ok, parece que aumentar o tamanho do buffer do uwsgi para 16k interrompeu os erros. Eu acho que o cookie de mensagens do Django é muito grande? Não tenho certeza de qual solução é melhor para alternar para o armazenamento de sessão ou aumentar o buffer, mas lá vai você.
Meu comando uwsgi agora é assim:
uwsgi --master --http-socket :8082 \
--wsgi-file /var/django/mysite/apache/live.wsgi \
--touch-reload /var/django/mysite/apache/live.wsgi \
--buffer-size 16384
De acordo com os documentos de mensagens do Django ,
Old messages are dropped if the cookie data size would exceed 4096 bytes.
Então, acho que faz sentido que o buffer do uwsgi precise ser maior que isso.