Normalmente, você simplesmente exclui a pasta, preenche uma nova e ela deve funcionar, se todos os arquivos estiverem lá (não se esqueça de fazer um backup das configurações).
Se você quer que funcione, não há necessidade de excluir nada. Os novos binários substituirão o antigo. Você só tem que ter cuidado com as configurações (não sobrescrever antigo = bom = configurado com padrão="vazio". Pode haver alguns arquivos restantes, mas com exceção de alguns megas de espaço extra, não há nada para se preocupar. / p>
A maneira correta de gerenciar tudo isso é criar um pacote compatível com o gerenciador de pacotes e deixar que ele se preocupe com un / installs. Se você tem uma distribuição de estilo .deb / .rpm, confira checkinstall .