Dependendo do tipo de scripts que você precisa executar. Para serviços e afins, você deve usar o upstart . Mas para um script de usuário, eles devem ser iniciados como scripts de sessão pelo gnome! Dê uma olhada em Sistema > Preferências > Aplicações de inicialização.
Em uma nota lateral, se você precisar que alguns scripts sejam executados no login do terminal, você poderá adicioná-los ao . Bash_login arquivo em seu diretório home.
Para 14.04 e mais velhos
Um comando simples (que não precisa permanecer em execução) poderia usar um trabalho do Upstart como:
start on startup
task
exec /path/to/command
Salve isso em um arquivo .conf
em /etc/init
(se você precisar dele para ser executado como root quando o sistema for inicializado), ou em ~/.config/upstart
(se você precisar dele
para executar como seu usuário quando você efetuar login).