Eu normalmente mudo o local padrão do arquivo de ID de Monit para algo como: /var/monit/id
Dependendo da versão e distribuição do seu pacote Monit, a localização do arquivo de ID padrão pode variar. No atual pacote RPMForge do Monit 5.4, estou vendo:
set idfile /var/monit/id
Isso pode ajudar nesse caso. Algumas pessoas também tentam fazer truques para manter o Monit em execução ( como o spawn do inittab ), mas eu realmente não senti a necessidade de fazer isso. Usar um local de arquivo de ID mais são normalmente resolve meus problemas.