Eu acredito que o Unison funciona como o rsync (já que ele usa o código rsync) e, portanto, não seleciona arquivos renomeados.
Se você alterar o nome de um arquivo na caixa de fontes, o unison excluirá o arquivo antigo e transferirá novamente o "novo" arquivo.
O resultado da alteração do nome de um arquivo na caixa de destino depende de como você configura o uníssono. Se você excluir arquivos que não existem na fonte, o arquivo renomeado será excluído e o original copiado da origem novamente. Se você não deseja excluir arquivos que não existem na fonte, o original será copiado da fonte novamente.
Você precisa ter cuidado ao renomear diretórios devido ao acima, pois ele terá que copiar todo o conteúdo novamente, embora a renomeação de arquivos / pastas na origem e no destino antes de sincronizar novamente funcione normalmente.