Normalmente, não aconselho substituir as dependências do rpm. Eu aconselho você a tentar permanecer dentro dos limites do sistema de pacotes completamente gerenciado (ou seja, o rpm instala e controla tudo).
As pessoas que criam pacotes mysql (devem) sempre também constroem um pacote libs compartilhado separado que contenha "bibliotecas compartilhadas compatíveis". O que isto significa é que eles sabem que estão construindo uma versão do mysql que provavelmente não funcionará diretamente com seus binários fornecidos pela distribuição, então eles também constroem algumas bibliotecas compartilhadas mysql extras (geralmente mais antigas) que fornecerão as bibliotecas compartilhadas da versão correta Os binários fornecidos pela distribuição estão esperando. Encontre e faça o download do MySQL-shared-compat rpm que é a mesma versão que você instalou do site mysql.org, e depois instale-o. Teste seu roteiro, se funcionar, está feito.
Agora, como possivelmente quebrar seu sistema perl DBI:
Tendo dito tudo isso, estive exatamente nesta situação antes de experimentar outros pacotes do mysql além daqueles fornecidos pelo CentOS propriamente dito. yum não instalará este módulo perl devido a dependências não atendidas, mas essas dependências são geralmente apenas convenções de nomenclatura. Na maioria dos casos, a biblioteca compartilhada de que ela precisa está presente e utilizável. Você pode forçar o rpm a ignorar essas dependências baixando o perl DBD mysql rpm de um mirror e executando:
rpm -ivh --force perl-DBD-MySQL*.rpm
Em seguida, faça um teste rápido para ver se há algum problema com as bibliotecas compartilhadas executando os dois comandos a seguir:
# Should print out nothing, nor any errors
CentOS58[root@stats ~]# perl -e 'use DBD::mysql'
CentOS58[root@stats ~]#
CentOS58[root@stats ~]# ldd /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/auto/DBD/mysql/mysql.so
libmysqlclient.so.15 => /usr/lib64/mysql/libmysqlclient.so.15 (0x00002aaaaacd6000)
<snip>
Se ambos funcionarem corretamente, é provável que o script seja executado corretamente. Se eles não funcionarem corretamente, você pode retornar seu sistema ao estado que estava apagando (manualmente) o rpm, praticamente da mesma maneira que você o instalou:
# May need to add --nodeps and/or --force
rpm -e perl-DBD-MySQL