A perda de acesso a uma instância Amazon EC2 é um encontro comum - como abordar essa situação quando você não conhece A razão ainda é abordada no excelente resumo de Eric Hammond Resolvendo: "Não consigo me conectar ao meu servidor no Amazon EC2" .
No entanto, como você já sabe que o problema está relacionado à permissão, você pode aplicar as respectivas instruções Corrigindo arquivos no volume do EBS raiz de uma instância do EC2 , veja minha resposta à pergunta relacionada Corrigindo Permissões do Amazon EC2 para um breve resumo dessa abordagem.
Boa sorte!