O que você está procurando rastrear ou monitorar especificamente?
Como você viu, é necessário monitorar o pool de aplicativos e as instâncias dentro dele, pois esses são os threads reais no servidor, sob o disfarce do processo w3wp.exe.
Além disso, você pode conferir o provedor de Monitoramento de Integridade do ASP.NET. Isso tem, de longe, a maior quantidade de estatísticas e informações relacionadas ao aplicativo em execução real. Confira os documentos da Microsoft aqui para obter mais informações. Se bem me lembro, você pode registrá-las diretamente no log de eventos ou em um banco de dados. O banco de dados é uma boa opção, simplesmente porque pode haver uma tonelada métrica de eventos gerados, dependendo da sua configuração.