Enquanto D em top
significa sono ininterrupto, acho mais fácil pensar em D for Disk. O processo está esperando no kernel para voltar a ele com algo, e 95% do tempo isso está lendo de um disco.
O fato de ser um sono ininterrupto é o motivo pelo qual o php-fpm não pode se reiniciar sozinho.
Portanto, nesse caso, você desejará verificar seus discos, primeiro com fsck -f /dev/mapper/VG-LV
no modo de usuário único (se for um servidor dedicado remoto ou VPS, será necessário usar um console KVM remoto para isso) e, em seguida, leia os dados SMART com smartctl -a /dev/sd?
(se eles não estiverem em uma matriz RAID de hardware; se for RAID de hardware, use a ferramenta fornecida pelo fornecedor) para ver se um dos seus discos está indo mal.