Você pode colocar esse código em seu arquivo /etc/rc.local:
check_syn_cookie='grep -r net.ipv4.tcp_syncookies /etc/sysctl.conf | grep -v ^#'
[ "$check_syn_cookie" = "" ] && echo "net.ipv4.tcp_syncookies = 1" >> /etc/sysctl.conf
sysctl -p
Mas, por favor, certifique-se de que vai antes de qualquer declaração de saída. Deve forçar seu net.ipv4.tcp_syncookies a ser 1 na inicialização.