Por um guia da Microsoft em: link
Como prática recomendada, todos os servidores clusterizados devem ter a mesma função de domínio (servidor membro ou controlador de domínio). A função recomendada é o servidor membro.
Então ... Eu acho que você respondeu à sua própria pergunta ... ou manualmente, conserte as entradas de DNS (não esqueça os registros SRV!) ... ou torne-os todos controladores de domínio.
Se fosse eu, eu estaria configurando DCs dedicados.